Masuren zeichnet sich durch eine beeindruckende Flora und Fauna aus, die ihr so wohl auf der Landes- als auch auf der europäischen Skala einen besonderen Rang zuweisen. In dieser Region dominiert eine abwechslungsreiche Landschaft mit Seen, malerischen Hügeln und ausgedehnten Wäldern. In Masuren gibt es über 1.100 natürliche Gewässer mit einer Fläche von über einem Hektar. Dazu gehören die beiden größten polnischen Seen: Spirdingsee mit 113 km² und Maurersee mit 105 km². Darüber hinaus besteht ein dichtes Netz kleinerer Flüsse und Bäche sowie in Felder und Wälder eingebundene kleinere Moore und Sümpfe.

In Masuren gibt es noch Gebiete, in denen die Natur ihren Urzustand beibehalten hat. Man leitete Maßnahmen ein, um diese Gebiete vor dem ungünstigen Einfluss der Industrie und der unüberlegten Handlung des Menschen zu schützen. So wurde 1977 der Masurische Landschaftspark geschaffen. Der Park nimmt eine Fläche von 77.000 ha ein; 40% davon sind Wälder, 30% Wasserflächen und 30% Felder, Wiesen und Moore. Durch den Park fließt der schönste masurische Fluss, die Kruttinna. Sie durchfließt mehrere Seen und bildet eine malerische Wegstrecke für Naturliebhaber. Im Park befinden sich 60 Seen die größer als 1 ha sind, 11 Natur- und 1 Biosphärenreservat.

Um die intakte Natur zu erhalten, wurden in Masuren 102 Naturschutzgebiete, 8 Landschaftsparks, 250 ökologisch wichtige Flächen, 2172 Naturdenkmäler und 6 naturkundlich-landschaftliche Komplexe ausgewiesen. Darüber hinaus wurden 550 Schutzzonen um Brutstellen seltener Vogelarten und Standorte der Sumpfschildkröten festgelegt. Große Flächen der Region wurden zu Landschaftsschutzzonen erklärt.

Typisch für Masuren ist das zahlreiche Vorkommen des Weißstorchs. Es nisten hier insgesamt ca. 10.000 Paare dieser Vogelart, was ungefähr 6% der gesamten Weltpopulation ausmacht.

In dieser Region sind viele in Europa gefährdete und verschwindende Vogelarten anzutreffen, wie etwa: Wachtelkönig, Blauracke, Seggenrohrsänger und der Weißrückenspecht.

Unter den Kriechtieren ist das Vorkommen der Sumpfschildkröte erwähnenswert und zu den Besonderheiten gehören auch zahlreich vorkommende Amphibien wie Kreuzkröte, Laubfrosch und Rotbauchunke.

Die Pflanzenwelt Masurens wird als eine der interessantesten der gesamten Niederungen Polens angesehen. Man hat hier ca. 1250 Arten der Gefäßpflanzen (zu denen Farne und Blütenpflanzen gehören) gefunden. Ein besonderes Merkmal der Flora der Masurischen Seenplatte besteht im Vorkommen einer großen Anzahl aus dem Norden Europas stammender Pflanzenarten, d.h. der so genannten Eiszeitrelikte. In dieser Gruppe sind vor allem die folgenden erwähnenswert: Niedrige Birke, Torfgränke, Moltebeere, Krähenbeere, Himmelsleiter, Heidelbeer-Weide, Moosglöckchen.

Die Masurische Seenplatte ist heute das einzige Seen-Gebiet Europas, wo Pflanzen- und Tierarten so reichlich vertreten sind. Auf den Wiesen und in den lichten Wäldern Masurens wachsen sehr schöne großblättrige Blumen. Besonders auffällig sind die gelbe Europäische Trollblume, die rote Gladiole, der dachziegelartige Siegwurz, die blaue Sibirische Schwertlilie, die herrlich duftende Becherglocke und die wunderschöne Türkenbund-Lilie.

Große Waldgebiete, zahlreiche Seen, Flüsse und Bäche, unzugängliche Sumpfgegenden, Dickichte, Wiesen und Felder sind Plätze, an denen Tiere günstige Lebensbedingungen finden, daher ist Masuren durch den Reichtum an Vogelarten, großen Wildsäugetieren – darunter Raubtiere – und nicht zuletzt auch durch Fischarten berühmt geworden.

Das größte masurische Säugetier ist der Wisent, der die Borker Heide bewohnt. Zu den weitverbreiteten Tierarten zählen Hirsch, Reh und Wildschwein. Immer öfter anzutreffen ist in Masuren der Elch. Bemerkenswert ist, dass hier auch drei Tierarten, die nicht ursprünglich ansässig waren, beheimatet sind: Damhirsch, Sikahirsch und Mufflon. Auffällig ist das verstärkte Vorkommen von zwei großen Raubtierarten: Wolf und Luchs.

Ziemlich verbreitet ist im Zusammenhang mit den Gewässern der Fischotter. Inzwischen hat sich dort auch das größte Nagetier Europas – der Biber – verstärkt vermehrt.

In Masuren wurden bisher etwa 300 Vogelarten beobachtet, von denen 196 zu den regelmäßig oder sporadisch brütenden gehören. Charakteristisch ist, dass hier zahlenstarke Populationen einiger großer Vogelarten vorkommen, dazu gehören z.B. Höckerschwan, Rohrdommel (etwa 500 Standorte), Kormoran, Graureiher (etwa 3.500 Paare), Kranich (2005: ca. 40.000), Seeadler (2005: 280 Paare) und der Schreiadler (2005: 650 Paare).

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